随后，学生用封条封了杨荫榆的办公室，并派人把守校门，杨荫榆只能另找地方办公。再往后，学生冲出了校门，周作人、马裕藻、沈尹默、钱玄同等7人在《京报》联名支持女师大学生。

　　当年7月，学校放暑假，一部分坚持斗争的学生决定留校。杨荫榆开始采取强硬措施，以修缮校舍为名，令全体学生搬出，并解散学生自治会，解散大学预科甲、乙两部，国文系三年级和教育预科一年级。王淑芳在文中称，学生不从，很快又来了其他学校的“援兵”。8月初，教育部下令解散女师大，并有巡警进入，以断水断电驱赶学生。学生拼死护校。

　　1925年8月4日，杨荫榆在《晨报》上发表了《辞职感言》，“矢志以女子教育为职责，毁之劳怨，所不敢辞……维持之于今日者，非贪恋个人之地位，为彻底整饬学风计也”。

　　杨荫榆黯然离开北京前往苏州投奔二哥，也就是杨绛的父亲。当年8月中旬，章士钊作出了再次激化矛盾的决定——停办“女师大”，在原址上重新成立国立女子大学。8月22日，章士钊指派50名警员驱赶学生。坚守学校的骨干刘和珍、许广平等13人被拖出校门，当局强行接管学校。

　　1926年爆发的“三一八惨案”中，刘和珍等学生惨死于段祺瑞政府的枪下。当时，杨荫榆已离开女师大半年多。

　　不屈义士

　　保护乡邻激怒日寇 被抛进河里射杀

　　杨荫榆到苏州后继续从事女子教育，还倾其所有开办了“二乐”女校。

　　据杨绛先生回忆，1937年，日军全面发动侵华战争，杨荫榆不止一次跑去见日本军官，责备对方纵容部下奸淫掳掠，帮四邻要回被抢的财物。街坊上的妇女怕日本兵挨户找“花姑娘”，都躲到杨荫榆家。

　　见杨荫榆日语流利，日本人请她参加“维持会”，遭到杨荫榆的断然拒绝后，遂对她动了杀机。1938年1月1日，两个日本兵到杨荫榆家，把她哄出门。走到一座小石桥上，一个兵突然向她开一枪，另一个就把她抛入河里。杨荫榆在水中挣扎，日本兵又连发几枪，见河水泛红，才扬长而去。

　　后来一个木工把水里捞出来的遗体入殓，但临时凑合的棺木太薄，家属领尸的时候，已不能更换棺材，也没有现成的特大棺材可以套在外面，只好赶紧在棺外加钉一层厚厚的木板。1939年，杨荫榆和杨绛的母亲同日下葬。“我看见三姑母的奇模怪样的棺材，木板是仓猝间合上的，来不及刨光，也不能上漆。那具棺材，好像象征了三姑母坎坷别扭的一辈子。”

　　研究者薛镇歧和王淑芳都承认，面对学生运动，杨荫榆不当地采取了强硬措施，“在那个背景下，任杨荫榆有天大本领，悲剧也难免”。几十年来，如杨绛先生言，“提及她而骂她的人还不少，记得她而知道她的人已不多了”。